2003年11月28日，河南省机构编制委员会批准成立河南省疾病预防控制中心。2004年6月11日，撤并河南省卫生防疫站、河南省结核病防治研究所，组建河南省疾病预防控制中心并正式挂牌成立。中心核定编制462人，规格副厅级，经费实行全额预算管理。2006年初搬迁到郑州市郑东新区农业东路105号。占地面积80亩。建筑面积34190平方米。其中生物实验室8427平方米；毒理实验室3853平方米；理化实验室5025平方米；业务用房8050平方米；行政办公用房1060平方米；辅助用房7775平方米。
根据卫生部确定疾病预防控制中心7项基本职能（卫疾控发〔2008〕68号）：疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情（报告）及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制（干预）、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进和技术指导（管理）与应用研究，以及省机构编制委员会赋予的主要任务（预编〔2003〕39号），目前中心负责开展全省传染病、寄生虫病、地方病、慢性非传染性疾病、学生常见病等重大疾病流行病学监测。制定并实施预防控制对策；进行与疾病预防控制有关的环境、学校卫生等卫生学评价；参与疾病预防控制和公共卫生相关法律、法规、政策、标准、规划等的制定；参与调查处理重大传染病疫情、不明原因疾病以及其它突发公共卫生事件等重大卫生问题；实施预防接种，负责预防用生物制品的使用和管理；负责有关人员的技术培训和技术指导；开展健康教育与健康促进；承担相关卫生检验、鉴定、技术审核和卫生学评价；开展疾病预防控制科学研究和对外交流；承担疾病预防控制及有关公共卫生信息的报告、管理和预测、预报；向社会提供相关的预防保健信息、咨询服务等。
中心设立9个业务所（中心）、6个职能处室和5个直属科室。9个业务所分别是传染病预防控制所、免疫预防与规划所（河南省免疫预防与规划所）、性病艾滋病防治研究所（河南省性病艾滋病防治研究所）、结核病预防控制所（河南省结核病预防控制所）、寄生虫病预防控制所、卫生检测检验中心（河南省卫生检测检验中心）、公共卫生研究所（河南省公共卫生研究所）、地方病预防控制所、健康教育与慢性非传染性疾病防治研究所；6个职能处室为行政办公室、党委办公室、人事处、财务处、药械处、离退休干部管理处。直属科室6个分别是疫情信息管理中心、质量管理科、预防医学门诊部、省预防医学会办公室、纪检监察室、疫苗临床研究中心。现有在职职工430人。其中专业技术人员368人。高级职称人员106人，硕士118人，博士17人。全国性专业学术团体兼任职的有20余人。
目前，中心拥有各类仪器设备5467台（件），其中10万元以上设备305台件，总价值1.44亿元，达到国内领先水平。除公共卫生所和健教慢病所外其余七个业务所均有独立实验室。中心的卫生检测检验中心其主要职能是微生物、理化和毒理等健康危害因素和相关产品检测检验。2004年，通过国家认可委的认可和卫生部的计量认证，认证认可项目达788项，被商务部第一批授予"定点食品安全检测机构"，2014年获国家食品药品监督管理局"保健食品注册检验机构"资质认可，目前已经获5项国家检测检验认可资质。中心BSL-3实验室，2014年通过了国家科技部审查、中国合格评定国家认可委员会认可工作；现有特色实验室有26个BSL-2实验室、省A级SPF动物实验室、生物资源库、国家级艾滋病确证实验室、分子生物学实验室、鼠疫炭疽实验室、WHO考核合格的脊髓灰质炎实验室和麻疹实验室、结核病参比实验室、淮河流域癌症综合防治项目实验室，以及国家"Pulsenet-China"细菌性传染病分子分型监测网络区域中心实验室等。
中心拥有省医学重点学科：传染病学科、艾滋病学科、食品安全学科；病原微生物实验室、食品安全风险监测与评价实验室获批河南省医学重点实验室；已获河南省科技厅批准成立了"新发传染病预防控制科技创新型团队"、"艾滋病与结核病等重大传染病综合防治研究团队"。获省人力资源和社会保障厅博士后研发基地，国家自然科学基金依托单位注册申请也获得批准;中心现承担一批国家、省部级重大科技攻关项目和国际项目。先后获得国家级重大科研成果4项，省部级科技进步奖100余项。"消灭丝虫病研究"、"新布尼亚病毒发现及其致发热伴血小板综合征预防控制"获分别河南省科技进步一等奖，填补了我省医药卫生类省科技进步一等奖的空白。目前与WHO、联合国儿童基金会、美国、法国、日本等20多个国际组织、国外机构和学术团体建立了合作关系。
河南省疾病预防控制中心成立以来，在省委、省政府和省卫生厅的正确领导和社会各方面的大力支持下，继往开来，与时俱进，已建立起疾病预防与控制、检测检验与评价、应用研究与指导、技术管理与服务、健康教育与促进为一体的疾病预防控制体系，中心"十二五"发展规划明确提出：两个目标：创建全国文明单位和创建国内一流省级疾病预防控制中心，围绕"三个提高"，全面加强能力建设，增进内部活力，提升科学管理水平，推动科技创新等，围绕国家和省制定的规划目标和各项任务，推动全省疾病预防控制事业健康发展。2011年12月，我中心顺利实现创建"全国文明单位"目标。中心在新的起点，以提升疾病预防控制服务能力为核心，切实发挥全省疾病预防控制业务技术指导中心作用，在完善公共卫生服务体系，保障和改善民生方面做出行业的积极贡献，为推进中原经济区建设、加快中原崛起、河南振兴做出应有的努力！（2015年2月更新）
