自2001年起，已从事结核病控制工作19年，主要涉及结核病政策研究、结核病防治服务体系、结核病监控与评价、经费预算管理，以及社区患者治疗管理等工作领域。曾主持全国结核病"十二五"规划终期评估工作；起草全国"十三五"规划；制定全国结核病经费预算，设计中央转移支付项目；制定结核病健康管理服务规范；主持全国结核病防治技术规范的修订工作等。
在现场督导结核病工作
参与中亚防痨会议交流经验
在结核病患者管理方面，有着深入研究与实践：2010-2012年期间主持了社区结核病患者管理随机试验的研究工作，研究证实电子药盒辅助患者管理能有效提高依从性，该管理模式已得到世卫组织的推荐；作为执笔人，参与了《结核病患者健康管理服务规范》的制订工作，并多次在国家、省级的"国家基本公共卫生服务规范"培训班上推广患者管理规范。
在武汉参与疫情分析
2020年1月25日（大年初一），刘小秋同志和其他中国疾控中心的4位专家前往武汉，与来自上海市、江苏省、浙江省疾控中心专家，联合湖北省、武汉市疾控中心流行病学专业人员，组成国家省市新冠防控联合专家组。该组通过24小时疫情监控和多层次的数据分析，及时发现防控工作中存在的问题和薄弱环节。根据问题，深入疫情防控现场、医疗机构开展现场流调35次，聚集性疫情调查10次，监狱、看守所、养老院和精神卫生中心等特殊场所流调14次，社区调查15次，华南海鲜市场调研4次，协助中央指导组督导组开展现场督导考察5次。
夜间集中讨论
刘小秋同志的任务主要是新冠疾病感染谱调查、医务人员感染分析、三种疾病（流感、肺炎和新冠）的关联分析，以及无症状感染者、出院病例恢复期核酸检测阳性者的传染性、监狱养老院等特殊场所人员感染情况，开展专题研究和调查，多方位、多视角地阐述新冠肺炎的发病过程，并提出意见和建议，协助中央指导组更加深入细致了解疫情态势。参与提出的优化流行病学个案调查、"四早"方案、解除管控、彻底清理和消毒华南海鲜市场等建议得到了采纳，在防控策略和措施中得到体现，促进了工作开展。
